Le Goyen prend sa source à proximité de Plonéis dans le Finistère. Après un parcours d'environ 30 km vers l'ouest, il arrive à Pont-Croix, d'où il part vers le sud dans un estuaire qui s'étend jusqu'à Audierne.
Le nom Goyen est dérivé du mot breton gwazhienn, veine, (issu de gwazh, ruisseau).
En breton Gwaien est le nom de la ville d'Audierne, la rivière s'appelant stêr Gwaien, c’est-à-dire rivière d'Audierne.
